2012年5月，根據福建省教育廳下發《關于開展高職院校專業建設質量評價工作的通知》（閩高教〔2012〕74號），我省正式啟動了高職院校專業建設質量評價工作。
本輪評估共四批，我校參評專業共計49個。 2012年6月，第一批我校參評的共有工程監理等4個專業；2012年10月，第二批我校參評的共有模具設計與制造等17個專業；2013年3月，第三批我校參評的有計算機應用技術等8個專業；2013年6月，第四批我校參評的有道路橋梁工程技術等20個專業。
我校排名第一的專業為：汽車檢測與維修技術、道路橋梁工程技術、航海技術、輪機工程技術、汽車技術服務與營銷、船舶工程技術、報關與國際貨運、汽車電子技術、汽車整形技術、汽車運用技術、工程機械運用與維護、城市軌道交通工程技術、國際航運業務管理、海事管理、港口物流設備與自動控制、集裝箱運輸管理、港口工程技術、管道工程技術等18個。
排名二、三名的專業為：工業分析與檢驗、計算機應用技術、計算機網絡技術、 網絡系統管理、軟件技術、圖形圖像制作、機電一體化技術、物流管理、電氣自動化技術、計算機控制技術、連鎖經營管理等11個。