汽車專業創辦于1974年，1999年升格為高職，是首批國家示范性高等職業院校重點專業。

汽車學院秉承船政學堂“工學結合”的辦學理念和“精益求精、密益求密”的船政質量觀，實施“基礎共享、特色分層、多元訂單、校企共育”的人才培養模式，與主流汽車品牌和大型汽車經銷集團合作，按照“大專業、小方向”的專業建設思路，對接福建汽車產業前、后端市場的發展需求，服務汽車新技術、新產業、新業態和新模式，開設有汽車智能技術、新能源汽車技術、汽車檢測與維修技術3個專業、6個方向。學生入學后可根據自身興趣特長和社會人才需求選擇校企合作的訂單培養方向：

汽車學院是全國汽車專業骨干師資培訓基地，省級中、高職汽車專業骨干師資培訓基地，福建省汽車專業公共實訓基地，福建省汽車職教集團牽頭單位。

汽車學院師資力量雄厚，國家級汽車專業核心課程教學團隊現有教授5人，副教授13人，省級教學名師5人，省級專業帶頭人4人，全國職業教育杰出教師獎1人，福建青年五四獎章1人，省級技能大師工作室1個，專任教師中具備“雙師”資質占90%，形成了一支業務精湛、治學嚴謹、專兼結合的高素質“雙師”型師資隊伍。

近年來，汽車學院共獲得國家級教學成果獎1項，省部級教學成果獎3項；授權國家發明專項18項，實用新型專利42項；承擔省部級以上教改項目18項、科研項目46項；擁有全國交通示范專業1個、省級精品和示范專業2個及6門省級精品課程；學生參加職業院校技能大賽共獲國家級獎21項，省部級獎35項，2014-2016連續三年在全國職業院校技能競賽汽車賽項比賽中榮獲一等獎；先后為肯尼亞、烏干達、加蓬、科特迪瓦等“一帶一路”沿線國家開展汽車專業師資培訓，指導肯尼亞13所大學汽車專業建設，有效提升我國職業教育國際影響力。

汽車學院始終堅持以就業為導向，緊密圍繞區域經濟社會和行業發展需求，人才培養質量不斷提高，畢業生供不應求，涌現了以福建宏文汽車集團兼吉諾陽光新能源公司董事長李立洪為代表的一大批杰出校友，為海西交通和汽車行業的發展做出了極大的貢獻。